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答案：实际上是利用.Net中的Process对象来实现的。
string str=@"d:\test.avi d:\test_allen.flv";
RunFFMpeg(str);
//运行FFMpeg的视频解码，
public void RunFFMpeg(string strCmd)
{
//创建并启动一个新进程
Process p = new Process();
//设置进程启动信息属性StartInfo，这是ProcessStartInfo类，包括了一些属性和方法：
p.StartInfo.FileName = "ffmpeg.exe"; //程序名
p.StartInfo.Arguments = " -i " + strCmd; //执行参数
p.Start();
}
//运行Cmd.exe执行Dos 命令，并返回执行结果
public string RunCmd(string command)
{
//创建并启动一个对进程
Process p = new Process();
//Process类有一个StartInfo属性，这是ProcessStartInfo类，包括了一些属性和方法，例如：
p.StartInfo.FileName = "cmd.exe"; //程序名
p.StartInfo.Arguments = " /c " + command; //执行参数
p.StartInfo.UseShellExecute = false; //关闭Shell的使用
p.StartInfo.RedirectStandardInput = true; //重定向标准输入
p.StartInfo.RedirectStandardOutput = true; //重定向标准输出
p.StartInfo.RedirectStandardError = true; //重定向错误输出
p.StartInfo.CreateNoWindow = true; //设置不显示窗口
p.Start();
//p.StandardInput.WriteLine(command); //也可以用這種方式輸入要執行的命令
//p.StandardInput.WriteLine("exit"); //不過要記得加上Exit要不然下一行程式執行的時候會當機
//必须创建可以自动转换完成以后，结束进程的代码
return p.StandardOutput.ReadToEnd(); //從輸出流取得命令執行結果
}
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另一种方法: 用MEncoder转换视频文件为Flv
mencoder 转换视频注意事项
1、下载 mencoder.exe 和 mplayer.exe
2、将mencoder.exe 所在文件夹，加入环境变量Path里面 ,如C:\mplayer
3、微软键+R，输入cmd，命令行打入如下语法
mencoder d:\test.avi -o d:\testflv.flv -of lavf -lavfopts i_certify_that_my_video_stream_does_not_use_b_frames -oac mp3lame -lameopts abr:br=56 -ovc lavc -lavcopts vcodec=flv:vbitrate=100:mbd=2:mv0:trell:v4mv:cbp:last_pred=3:dia=4:cmp=6:vb_strategy=1 -vf scale=512:-3 -ofps 12 -srate 22050
语法说明：
mencoder d:\test.avi -o d:\testflv.flv //将D:\test.avi 输出到 d:\testflv.flv, 参数 -o 代表输出路径
-of lavf //参数 -of ：输出文件的格式，flv文件是属于lavf格式
-lavfopts i_certify_that_my_video_stream_does_not_use_b_frames //lavf格式的参数设置，对于转换flv格式，最好加上这个长句。意思是不用bframes。
-oac mp3lame //输出音频编码器，这里用的mp3lame
-lameopts abr:br=56 //是专门针对mp3lame的参数设置，abr:br=56，是设置音频比特率为56
-ovc lavc //输出视频编码器
//视频编码器的设置：
-lavcopts
vcodec=flv: //指定视频编码器为flv
vbitrate=500: //指定视频比特率为500 ,低品质为150kb/s，中等品质为400kb/s，高品质为700kb/s
mbd=2: //宏模块选择算法，值为0～2默认为0，值越大转换越缓慢，但在品质和文件大小方面有好处
mv0: //编译每个宏模块并选择最好的一个，当mbd=0时无效；
trell: //会稍微增加品质，mbd>0时效果更明显；
v4mv: //量子化网格搜索，对每8×8block找到最优化编码
cbp: //只能和trell一期使用，评估失真的图像块编码；
last_pred=3: //与上一帧相比的移动数量预测，值为0～99，1～3比较合适，大于3时对品质的提高已经无关紧要，但却会降低速度；
dia=4: //移动搜索范围，值为-99～6，对于快速转换，-1是个不错的值，如果不是很重视速度，可以考虑2～4；
cmp=6: //值为1～2000，默认为0，设置用于全象素移动预算的比较函数
vb_strategy=1 //对动作很大的场景会有帮助，对有些视频，设置vmax_b_frames会有损品质，加上vb_strategy=1会好点。
//mencoder的参数
-vf scale=512:-3 //-vf表示视频格式scale是缩放，512:-3表示强制将宽度设置为512，高度写为-3表示保持高宽比，也可以设置为-1或-2，
-ofps 12 /*输出视频的帧频，一般，用于flash播放的视频帧频高了没有意义，反而会增加视频文件大小，但如果ofps设置的不合适，
比如源视频帧频不是ofps的整数倍，可能会导致转换后的视频、音频不同步，
似乎可以将这一参数改为-noskip来解决这一问题；*/
-srate 22050 //音频采样率一般为22050或44100。
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Mencoder中文参考手册地址
http://www.mplayerhq.hu/DOCS/HTML/zh_CN/
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参数说明：
-srate 32000 ： //声音采样率，22050hz
-af channels=2:2:1:0:1:1 //右声道
-af channels=2:2:0:0:0:1 //左声道
-stereo 0 //立体声
-oac mp3lame ： //输出音频使用mp3编码
-lameopts mode=2:cbr:br=32 ： //码率br=32 kbit
-ovc xvid -xvidencopts bitrate=200 ： //以xvid方式编码，码率200kbps （经实验，目前divx比xvid要快，在使用vhq功能时会稍稍影响速度）
-vf scale=480:-3 -sws 9 ： //变换至480像素宽，高度按比例缩放
"C:\dance.avi" -o "C:\dance.XviD.avi" //源文件地址 -o到 输出文件地址
2> 2.txt ： //编码日志记录地址
--------------------参数选择分析------------------------
18fps：这是以前通过多次测试得来的，一般电视剧和动画片15fps就够用了。如果场景变换不是很大，13fps就能保证播放流畅。降低fps值可以使压缩速度更快，对于电影，特别是动作片，要保证流畅无马赛克，就要提高fps，最大24就够了
选择18fps足以应付大部分，性价比高
音频采样率32KHz：从录音设备的得来的灵感（以下质量说明为比喻，前面的参数时原有的）
32KHz - 32Kbps - mono比电话音好些
44KHz - 64Kbps - J-Stereo 收音机质量
44KHz -128Kbps - J-Stereo 通行的MP3标准质量
44KHz -192Kbps - Stereo接近CD质量
经过多次试验（以上是区间范围，自己可以根据需要选择）
压片最省空间 - 使用32KHz - 32Kbps - mono，可以保证内容；
质量要求不高 - 可用32KHz - 128Kbps - mono 性价比比较高；
空间大高质量 - 44KHz -192Kbps - Stereo对大SD卡用户。
视频采样率bitrate=150：
80 - 最小空间占用率，质量最差 转换速度稍快 （与最低音频配合，大小可1min=1M）
122 - 对底配置机器的小卡用户性价比较高（换面变化快回有马赛克）
150 - 满足底配置机器对画质的基本要求（对非动作片比较完美）
248 - 大卡用户的经济选择 （质量较好）
350 - 大卡高配置的机器 （经济的体现机器优势）
更高- 用户自己试吧
总的来说，输出文件的大小受视频采样率、音频采样率影响效果显著，画面尺寸、fps值也影响大小。怎样设置参数要看你的个人实际需要与机器配置。
另外，还有很多不知道的参数，请大家找找看。
比如：pess2、pess3、动态FPS、屏幕截取、时间区间设置等
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关于音量调节：
carlwang 写道：个人习惯是不用耳机的，天热带着不舒服，所以声音我一向偏大。
我的经验如果片源是DVDrip,一般在5以上，如果是rmvb一般2就够了，再大就有爆音了。
-oac mp3lame -lameopts mode=2:cbr:br=64:vol=2 大家来试试看吧
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转换结束，会显示
Pos: 226.8s 297f (100%) 48fps Trem: 0min 5mb a-v:-0.009 [142:56]
这里边的内容，小括号里应该是转换的进度，中括号里的内容很重要，142表示视频比特率，56表示音频比特率（比特率这个词不知道用的对不对......）
转换结束，会显示2行文字：
Video stream: 142.564 kbit/s (17820 B/s) size: 4046677 bytes 227.080 secs 2700 frames
Audio stream: 56.938 kbit/s (7117 B/s) size: 1616197 bytes 227.082 secs
这2行信息我想大家都能明白，其中我一直关注的是那个142.564kbit/s，
用过flash8自带转换工具的应该知道高级设置里有个选项是最大数据速率，
当选中中等画质的时候，是400kb/s，而低品质也是150kb/s，也就是说，用那句命令转换的视频，其画质都不如品质的，那么，品质怎么样呢？
看一下命令：
mencoder "D:\music.wmv" -o "D:\output.flv" -of lavf -oac mp3lame -lameopts abr:br=56 -ovc lavc -lavcopts vcodec=flv:vbitrate=150:mbd=2:mv0:trell:v4mv:cbp:last_pred=3 -srate 22050
分析：
-ovc > 大概是
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